Depuis le 1er mars 2026, la durée maximale du congé pathologique prénatal est portée de deux à trois semaines, conformément à l'article 174 de la loi n° 2026-103 du 19 février 2026 de finances pour 2026, aussi bien pour les fonctionnaires (l'article 4 du décret n° 2021-1342 du 13 octobre 2021) que pour les contractuelles de la fonction publique (l'article 13 du décret n° 91-155 du 6 février 1991) et les personnels médicaux (article R. 6152-819 du Code de la santé publique).
Concernant les agentes contractuelles de la fonction publique, la CNAM est venue apporter des précisions sur les modalités de déclaration et d’indemnisation de cette troisième semaine de congé pathologique prénatal par l'Assurance Maladie.
Deux signalements en DSN sont nécessaires en cas de congé pathologique prénatal prescrit pour une durée de vingt et un jours
Les outils de l'Assurance Maladie ne permettent pas d’enregistrer un congé pathologique au titre du risque maternité au-delà de quatorze jours, ni d’enregistrer un même arrêt de travail sur plusieurs risques de sécurité sociale.
Ainsi, lorsqu’un établissement transmet un seul signalement au titre du risque maternité pour l’intégralité des vingt et un jours de congé pathologique prénatal, la caisse ne peut pas indemniser la période excédant les quatorze jours sur ce même risque. Des refus ou limitations d’indemnisation peuvent alors survenir.
Ces deux périodes doivent ainsi faire l’objet de deux signalements distincts en DSN de la part de l’employeur, quand bien même celui-ci, dans son SIRH, peut enregistrer le congé pathologique en une seule fois :
- un premier signalement au titre du risque maternité, portant sur les quatorze premiers jours ;
- un second signalement au titre du risque maladie, portant sur les sept jours suivants.
Les deux signalements (maternité puis maladie) peuvent être transmis simultanément, dès lors qu’ils mentionnent le même dernier jour travaillé. L’indemnisation au titre du risque maladie ne pourra toutefois intervenir qu’après le traitement de la période indemnisée au titre du risque maternité. Dans l’intervalle, le signalement maladie devra être mis en attente par la caisse.
La ventilation entre les risques maternité et maladie concerne les modalités de versement des indemnités journalières par l’Assurance Maladie. Cette organisation de l’indemnisation est sans incidence sur la qualification statutaire du congé par l’employeur. Celui-ci peut enregistrer dans son système d’information un congé pathologique prénatal unique de vingt et un jours et appliquer, sur l’ensemble de cette durée, les règles de rémunération prévues pour ce congé.
Pour plus d'informations, les employeurs peuvent se reporter à la base de connaissances de Net-entreprises relative aux attestations de salaire et aux signalements d’arrêt de travail via ce lien.