La répartition des dépenses d’investissement décrites à l’article 1er s’effectue selon le tableau de répartition en annexe 2.
En ce qui concerne les charges d'exploitation : "les charges de personnel sanitaire, les charges médicales, pharmaceutiques et charges hôtelières et générales des unités hospitalières spécialement aménagées sont financées par des aides en fonctionnement en crédits relevant de la dotation relative aux activités spécifiques mentionnée à l’article L. 162-22-5 du code de la sécurité sociale. Les charges de personnel pénitentiaire des UHSA sont financées par le ministère de la justice sur le programme n° 107.
Les règles de répartition des charges de fonctionnement relatives aux locaux et biens de la partie pénitentiaire de l’UHSA (hors charges de personnel) sont précisées dans un tableau en annexe 3)".
En annexe 1, le cahier des charges immobilier et technique pour l'aménagement des UHSA est décrit.